「407-1+407-2+408-1+水」と入力された地番は、「水」という文字を含んでいることから、「水路１」のように名称なし水路になってしまいます。

どうすればよいのでしょうか？

「407-1+407-2+408-1+水」と表記する場合、筆界未定構成筆属性情報ファイルの構成地番名には、以下のような５行の情報が入力されます。
100,100,筆界未定－１,4
100,○○,100,□□,４０７－１,～～
100,○○,100,□□,４０７－２,～～
100,○○,100,□□,４０８－１,～～
100,○○,101,□○○,水－１,～～

「筆・長狭物図形情報ファイル」及び「筆属性情報ファイル」では、仮地番の『筆界未定－１』の情報を記載し、『407-1+407-2+408-1+水』のような表記の地番は、存在しません。

詳細は、地籍フォーマット2000の仕様をよく読んでください。
「地籍調査必携」「地籍フォーマット2000の手引き」等に記載があります。